一、
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設置目的
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行政院為處理金門、馬祖與大陸地區試辦通航相關事務，分別於金門、馬祖設置行政院處理試辦通航事務金門／馬祖行政協調中心（以下簡稱本中心）。 |
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二、
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設置依據
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依據試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法第三十四條第一項規定訂定之。 |
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三、
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任務
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| （一） |
關於試辦通航所涉及跨部會及與地方間事務之溝通協調事項。
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四、
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組成單位
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| （一） |
本中心為任務編組性質，由各有關機關及受政府委託處理試辦通航有關事務之民間團體共同組成。
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| （二） |
組成任務編組之相關機關包括：內政部、國防部、財政部、法務部、經濟部、交通部、行政院大陸委員會、行政院新聞局、行政院農業委員會、行政院衛生署、行政院海岸巡防署、福建省政府及當地縣政府。
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五、
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組織
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本中心置召集人一人，由行政院指派行政院大陸委員會指定副主任委員兼任之，綜理本中心各項事務；執行秘書一人，由行政院大陸委員會指派適當層級人員，或由本中心組成單位中之民間團體所指定代表兼任之，襄助督導相關業務。 |
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六、
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行政處理程序
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| （一） |
本中心各組成單位依其法定組織及業務職掌行使職權；各機關派駐人員仍循機關原行政程序處理相關事務，並以原機關名義對外行文。
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| （二） |
本中心處理之相關事務，遇有涉及機關權責疑義者，由執行秘書陳報召集人協調指定機關負責辦理。
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七、
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設置兩岸事務協調服務中心
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本中心於必要時，得另行設置兩岸事務金門／馬祖協調服務中心，負責處理與大陸方面聯繫協調相關事務；並得指定受政府委託處理試辦通航有關事務之民間團體辦理其業務。 |
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八、
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人力
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本中心所需工作人員，由各組成單位原有編制人員派充之。 |
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九、
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經費
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本中心所需經費，由各組成單位原列相關預算支應。 |
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